Ngày 16 tháng 1 năm 2017, Bộ Tài chính đã ban hành Công văn 610/BTC-CST hướng dẫn về thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với hoạt động vận chuyển cung cấp cho Doanh nghiệp chế xuất (DNCX).
Căn cứ khoản 3 Điều 9 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính (đã được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/02/2015, Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016), một trong những trường hợp không áp dụng mức thuế suất 0% là: ”Các dịch vụ do cơ sở kinh doanh cung cấp cho tổ chức, cá nhân ở trong khu phi thuế quan bao gồm: cho thuê nhà, hội trường, văn phòng, khách sạn, kho bãi; dịch vụ vận chuyển đưa đón người lao động; dịch vụ ăn uống (trừ dịch vụ cung cấp suất ăn công nghiệp, dịch vụ ăn uống trong khu phi thuế quan) ”
Theo đó, Bộ Tài chính hướng dẫn trong trường hợp doanh nghiệp vận chuyển có ký hợp đồng vận chuyển với doanh nghiệp chế xuất trong khu chế xuất, trừ dịch vụ vận chuyển đưa đón người lao động thì thuộc đối tượng áp dụng thuế suất thuế GTGT 0% khi đáp ứng các điều kiện về hợp đồng, chứng từ theo quy định tại điểm b Khoản 2 Điều 9 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính.
Hoàn thuế GTGT trong giai đoạn chuyển tiếp của Luật số 106/2016/QH13
Ngày 6 tháng 2 năm 2017, Tổng cục thuế ban hành Công văn số 373/TCT-KK hướng dẫn về việc hoàn thuế GTGT đối với trường hợp người nộp thuế có số thuế GTGT chưa khấu trừ hết 12 tháng liên tục trong giai đoạn chuyển tiếp của Luật số 106/2016/QH13 và khai bổ sung hoàn thuế GTGT trên hồ sơ khai thuế. Theo đó:
- Trường hợp cơ sở kinh doanh có số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết phát sinh trước kỳ tính thuế tháng 7/2016 (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trước kỳ tính thuế quý 3/2016 (đối với trường hợp kê khai theo quý) đủ điều kiện hoàn thuế GTGT theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính thì được hoàn thuế theo quy định của pháp luật. Cục Thuế thực hiện kiểm tra trước, hoàn thuế sau đối với tất cả hồ sơ đề nghị hoàn thuế thuộc đối tượng rủi ro cao trong hoàn thuế theo quy định của pháp luật.
- Trường hợp tại hồ sơ khai thuế kỳ tính thuế tháng 6/2016 (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc kỳ tính thuế quý 2/2016 (đối với trường hợp kê khai theo quý), cơ sở kinh doanh không đề nghị hoàn số thuế GTGT đầu vào lũy kế chưa khấu trừ hết, đồng thời đã kê khai khấu trừ vào số thuế GTGT phải nộp của kỳ tính thuế tháng 7/2016 (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc kỳ tính thuế quý 3/2016 (đối với trường hợp kê khai theo quý) thì không được hoàn thuế. Cơ sở kinh doanh được bù trừ vào số thuế GTGT phải nộp của các kỳ tiếp theo.
- Trường hợp người nộp thuế khai bổ sung chưa đúng hướng dẫn của công văn 4943/TCT-KK ngày 23/11/2015 nhưng không làm sai số thuế còn được khấu trừ, không làm sai số thuế đề nghị hoàn (người nộp thuế không khai vào chỉ tiêu điều chỉnh tăng, giảm số thuế GTGT đầu vào các kỳ trước mà khai vào chỉ tiêu số còn khấu trừ kỳ trước chuyển qua hoặc điều chỉnh vào số thuế GTGT phát sinh trong kỳ) thì người nộp thuế được hoàn thuế nếu đáp ứng đầy đủ các quy định về khấu trừ, hoàn thuế của pháp luật về thuế GTGT và pháp luật về quản lý thuế; người nộp thuế bị xử phạt về hành vi kê khai chưa đúng quy định.