Theo Công văn 4987 của Tổng cục Thuế ban hành ngày 26.10.2016, việc đăng ký tài khoản ngân hàng với cơ quan thuế chỉ là thủ tục, không ảnh hưởng đến việc doanh nghiệp hoàn thuế, khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT).
Căn cứ Điều 8, Nghị định 83/2013/NĐ-CP:
“Điều 8. Thay đổi, bổ sung thông tin đăng ký thuế
- Khi có thay đổi, phải thông báo với cơ quan thuế quản lý trực tiếp (ghi trên giấy chứng nhận đăng ký thuế, giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh hoặc giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp) trong thời hạn 10 (mười) ngày làm việc, kể từ ngày có sự thay đổi,
Đối với người nộp thuế đã được cấp đăng ký thuế nhưng chưa thông báo thông tin về các tài Khoản của người nộp thuế đã mở tại các ngân hàng thương mại, tổ chức tín dụng với cơ quan thuế trước thời Điểm Nghị định này có hiệu lực thi hành thì phải thông báo bổ sung, thời hạn chậm nhất ngày 31 tháng 12 năm 2013.
Người nộp thuế trong quá trình sản xuất quý khi có thay đổi, bổ sung số tài Khoản tại các ngân hàng thương mại, tổ chức tín dụng thì phải thông báo cho cơ quan thuế tại tờ khai thuế thu nhập doanh nghiệp tạm tính hàng quý”.
Quy định nêu rõ, người nộp thuế trong quá trình sản xuất kinh doanh khi có thay đổi, bổ sung số tài khoản tại các ngân hàng, thì phải thông báo cho cơ quan thuế. Đây không phải là căn cứ để cơ quan thuế không thực hiện hoàn thuế GTGT cho doanh nghiệp. Việc không đăng ký tài khoản sẽ bị phạt hành chính. Công văn này cũng thay thế cho Công văn số 1175 ngày 21.3.2016 của Tổng cục Thuế.
Trước đó, Công văn 1175 quy định bên mua và bên bán đều phải đăng ký tài khoản ngân hàng với cơ quan thuế, nếu không, thì chứng từ không đủ điều kiện để công ty kê khai, tính vào chi phí, khấu trừ thuế GTGT. Quy định này đã gây khó cho nhiều doanh nghiệp, nhiều doanh nghiệp đã bị truy thu và bị phạt hàng tỉ đồng.