Ngày 12 tháng 9 năm 2017, Tổng Cục thuế ban hành Công văn số 4107/TCT-KK hướng dẫn về quản lý khai thuế đối với doanh nghiệp chế xuất (“DNCX”) thực hiện quyền xuất khẩu, quyền nhập khẩu. Theo đó:
- DNCX không phải là người nộp thuế GTGT đối với hoạt động sản xuất để xuất khẩu nên không phải kê khai thuế GTGT cho hoạt động này.
- Trường hợp ngoài hoạt động sản xuất để xuất khẩu, DNCX còn được cấp phép để thực hiện hoạt động mua bán hàng hóa và các hoạt động liên quan trực tiếp đến mua bán hàng hóa tại Việt Nam theo quy định của pháp luật thì hoạt động này thuộc đối tượng chịu thuế GTGT. DNCX phải thực hiện đăng ký thuế với cơ quan thuế nội địa và thực hiện mở sổ kế toán hạch toán riêng doanh thu, chi phí liên quan đến hoạt động mua bán hàng hóa tại Việt Nam, không hạch toán chung vào hoạt động sản xuất, đồng thời phải bố trí khu vực riêng để lưu giữ hàng hóa nhập khẩu, xuất khẩu theo quyền nhập khẩu, quyền xuất khẩu.
- DNCX chịu trách nhiệm thực hiện nghĩa vụ thuế và các nghĩa vụ tài chính khác đối với việc thực hiện hoạt động mua bán hàng hóa theo quy định của pháp luật.
Các ưu đãi đầu tư, ưu đãi về thuế và các ưu đãi tài chính khác áp dụng đối với việc sản xuất để xuất khẩu của DNCX không áp dụng đối với hoạt động mua bán hàng hóa và các hoạt động liên quan trực tiếp đến mua bán hàng hóa của DNCX.